Mei no Naisho-ն պտտվում է տիտղոսային հերոսի՝ Մեյ Հարունայի կյանքի շուրջ՝ կանացի երիտասարդ տղայի, ով մեծացրել է իր կախարդ մայրը որպես աղջիկ և միշտ իրեն կին է համարել: Նրա մայրը միակ ընտանիքն էր, որ ուներ, ուստի նրա մահից հետո նա տեղափոխվում է բոլոր աղջիկների միջնակարգ դպրոց և գալիս է դպրոցի հանրակացարանում բնակվելու իր խոսող ծանոթ կատվի՝ Աբելի և իր սենյակակից Ֆուկա Հոնջուի հետ, ով նույնպես անդամ է: հասարակական բարոյականության հանձնաժողով. Դպրոց հասնելուց կարճ ժամանակ անց նրա նոր ընկերները հանրակացարանի լոգարանում կախարդական ցուցադրությունից հետո հայտնաբերում են, որ նա իրականում արական սեռի ներկայացուցիչ է, թեև դա նրա համար բավականին ցնցող է, չնայած նա տեղյակ է իր և սովորական աղջիկների միջև եղած ֆիզիկական տարբերություններին: Չնայած նրան, որ պարզվում է, և աշակերտական խորհրդի այլասերված նախագահի որոշ օգնական միջամտությունից հետո, դպրոցի տնօրենը որոշում է, որ ինքը կարող է մնալ դպրոցում։ Հաջորդ օրը Մեյը Ֆուկայի հետ գալիս է դպրոց և ներողություն խնդրում իր կախարդ լինելու փաստը թաքցնելու համար, իսկ մյուսներին հայտնում, թե ինչպես է նա, ըստ երևույթին, տղամարդ։ Մյուս ուսանողներն արագ ընդունում են նրան որպես իրենցից մեկը և տպավորված են, թե ինչպես է նա կարողանում կախարդանք օգտագործել:
